С 2001 по 2003 год Б.А. Челышев также возглавлял Союз архитекторов Башкирии. В 2001 году президент РБ Муртаза Рахимов присвоил ему почетное звание «Заслуженный архитектор Республики Башкортостан». В 2004 году Борис Челышев уехал в Москву в департамент строительства и ЖКХ РФ заниматься разработкой нового Градостроительного кодекса России. Занимал должность замруководителя департамента регулирования градостроительной деятельности Министерства регионального развития РФ. Является почетным архитектором России.

При Борисе Челышеве в 1995 году разработали генплан Уфы, который суммировал знания по развитию города, накопленные в советский период. Согласно концепции, строительство в столице республики должно было пойти по двум направлениям: реконструкция исторического центра и застройка свободных площадей. Впрочем, скоро выяснилось, что генплан устарел и нуждается в пересмотре. В 2003 году сообщалось, что продолжается проектирование метро, которое так и не было построено.

В 1998 году завершилось строительство уфимской соборной мечети «Ляля-Тюльпан», которую начали возводить в 1989 году. В основу проекта, выполненного архитектором Вакилем Давлятшиным, положен цветок тюльпана — символ тюркских народов, а минареты олицетворяют два его бутона. Также Вакиль Давлятшин является автором проекта планировки Кузнецовского Затона 1990 года.

Еще один знаковый объект — Национальный молодежный театр имени Мустая Карима — появился в 2002 году, архитекторами выступили Константин Донгузов и Дамир Мирсаяпов. Внутри расположены музыкальная гостиная, выставочные залы, зимний сад, два зрительных зала.